Clubul s-a născut în toamna lui 1919, când studenții universității românești din Cluj au vrut echipă de fotbal. Prima consfătuire a strâns peste o sută de jucători, iar la 23 noiembrie s-a înființat Societatea Sportivă a Studenților Universitari. Președinte a fost Iuliu Hațieganu, medic și om politic, care spunea în 1932 că scopul nu e să crești campioni, ci oameni sănătoși.
Primii ani și prima finală (1919–1940)
Primul meci oficial a avut loc la 16 mai 1920, la Arad: 3–1 cu Gloria. Echipamentul alb-negru sosise de la Praga cu doar două zile înainte, adus de doi studenți. În 1923 „U” a făcut un turneu în Franța, Italia și Iugoslavia, primul de acest fel pentru o echipă românească, cu scoruri de la 0–5 cu Stade Français la 3–0 cu Grenoble.
Campionatul național cu serii a început în 1932–33, iar Universitatea a câștigat seria și a ajuns în finală. Ripensia Timișoara a învins cu 5–3 la general (0–0 la Cluj). Un an mai târziu, în prima ediție a Cupei României, Ripensia a bătut-o din nou, 5–0.
Exilul de la Sibiu (1940–1945)
În 1940 nord-vestul Transilvaniei a trecut la Ungaria. Universitatea a refuzat să joace în campionatul maghiar și s-a mutat la Sibiu, ca „Universitatea Cluj-Sibiu”. Federația a mărit Divizia A de la 12 la 13 echipe, potrivit Wikipedia în română, ca să sprijine echipa aflată departe de casă.
Din perioada aceea datează primul cântec dedicat unei echipe românești, „Haide, U”, și finala Cupei din 1942, pierdută cu Rapid. Căpitan era Mircea Luca, care a refuzat să plece la vreo echipă din București. Întoarcerea la Cluj a venit în 1945, iar echipa a trebuit să-și câștige dreptul de a juca acasă, învingând-o cu 4–0 pe Ferar Cluj.
Cupa din 1965 și anii buni (1945–1975)
Sub numele Știința Cluj, echipa a câștigat Cupa României la 11 iulie 1965, pe Stadionul Republicii din București, în fața a 30.000 de spectatori. Remus Câmpeanu (minutul 11) și Zoltán Ivansuc (55) au făcut 2–1 cu Dinamo Pitești. În semifinală, 2–2 cu Progresul după prelungiri: a trecut echipa cu media de vârstă mai mică, adică Știința.
Urmarea a fost debutul european. În Cupa Cupelor 1965–66, Wiener Neustadt a fost eliminată 3–0 la general, apoi Atlético Madrid a câștigat ambele manșe (2–0 și 4–0). Cea mai bună clasare a epocii a venit în 1971–72: locul 3, la egalitate de puncte cu UTA Arad.
Liftul dintre ligi și căderea (1975–2007)
Din 1975 clubul a urcat și a coborât între Divizia A și B, cu promovări în 1979, 1985 și 1992. Scăderea de la sfârșitul anilor ’90 a fost bruscă. În 1998–99 „U” a terminat pe locul 17, cu patru victorii și 92 de goluri primite. Un an mai târziu a picat în Divizia C.
Ioan Ovidiu Sabău a scos-o din Divizia C în 2001. Șase ani mai târziu, Adrian Falub, aflat la prima experiență de antrenor, a dus-o înapoi în prima ligă, cu promovarea practic asigurată la 19 mai 2007. Sezonul 2007–08 s-a încheiat însă pe ultimul loc, cu 23 de puncte.
Anii Walter, falimentul și refondarea (2009–2018)
În vara lui 2009 clubul a fost preluat de Florian Walter, patronul firmei Romprest. Promovarea a venit din primul sezon, apoi locurile 8 și 7 în Liga I. În octombrie 2011 echipa s-a mutat pe noul Cluj Arena, după trei ani de meciuri pe stadioane împrumutate.
Insolvența a apărut în februarie 2013, iar în 2015 „U” a retrogradat, deși a jucat și o finală de Cupă, pierdută cu Steaua. Anul următor a căzut și din Liga a II-a.
La 29 septembrie 2016 societatea lui Walter a intrat în faliment. Sigla și palmaresul erau ale Primăriei Cluj-Napoca, care le-a dat în folosință unui club nou, ACSF Alb-Negru al Studenților Clujeni, înființat cu Universitatea Babeș-Bolyai și asociația suporterilor. În Liga a IV-a a câștigat 27 de meciuri din 28, cu 167 de goluri marcate. Numele FC Universitatea Cluj a revenit din 2017–18, cu titlu în Liga a III-a.
Revenirea și vicecampionatul (2018–2026)
Liga a II-a a ținut-o patru sezoane: locul 3 în 2018–19, cu baraj pierdut în fața lui Hermannstadt, apoi două sezoane fără promovare. Sub Erik Lincar, în 2022, „U” a învins Dinamo 3–1 la general (2–0 acasă, 1–1 în deplasare) și a urcat în Liga I.
Primii ani au fost de mijloc de clasament: locul 10 în 2022–23 și 2023–24. Finala Cupei din mai 2023 s-a încheiat 0–0 cu Sepsi și 4–5 la penalty-uri. După locul 4 din 2024–25, „U” a revenit în cupele europene după 30 de ani. În vara lui 2025, Ararat-Armenia a eliminat-o în turul doi preliminar al Conference League (0–0 în Armenia și 1–2 după prelungiri, la Sibiu).
După plecarea lui Sabău, în octombrie 2025, banca a fost preluată de Cristiano Bergodi, iar 2025–26 a fost cel mai bun sezon în Liga I: locul 2, cu Jovo Lukić golgheter la 18 goluri.
Finala Cupei, la 13 mai 2026, a fost pierdută iar la penalty-uri (0–0, 5–6 cu Universitatea Craiova), la fel ca Supercupa din 12 iulie (1–1, 3–5). Cele trei finale din 2023 și 2026 s-au decis toate la loviturile de departajare.